Abrir clínica médica em São Paulo exige CNPJ correto, CNAE adequado e regime tributário que minimize impostos. Veja o passo a passo completo para 2026.
Abrir uma clínica médica em São Paulo é um processo que envolve decisões tributários críticas desde o primeiro dia. O CNAE escolhido, a estrutura societária e o regime de tributação definem quanto do faturamento vai ficar no caixa da clínica — e quanto vai para o governo. Erros nessa etapa custam, em média, R$ 30.000 a R$ 80.000 por ano.
O CNAE correto para clínicas médicas em São Paulo depende do tipo de atendimento. Clínicas de consultas usam 8630-5/01. Clínicas especializadas como cardiologia, ortopedia e oftalmologia costumam usar 8630-5/02 ou 8630-5/03. Clínicas de cirurgia ambulatorial usam 8630-5/01. O ISS em São Paulo sobre esses serviços varia de 2% a 3%, dependendo da classificação.
Clínica com faturamento até R$ 4,8M/ano: Simples Nacional (Anexo III com Fator R) costuma ser mais vantajoso — alíquota efetiva de 6% a 10%. Clínica com equiparação hospitalar: Lucro Presumido pode ser mais vantajoso — carga de 5,93% sobre o faturamento (IRPJ + CSLL + PIS + COFINS).
Clínicas com dois ou mais médicos sócios geralmente adotam a Sociedade Limitada (LTDA) ou a Sociedade Simples Limitada. O contrato social precisa estar tributariamente otimizado — a distribuição de participação, o pró-labore de cada sócio e a previsão de retirada de lucros impactam diretamente no Fator R e na carga tributária total.
O processo completo de abertura, incluindo CNPJ, inscrição municipal, alvará de funcionamento e registro no CRM-SP, leva entre 30 e 60 dias na maioria dos casos. Em situações de urgência (clínica que já atende e ainda está sem CNPJ), conseguimos abertura de CNPJ em 48h e emissão de NFS-e provisória enquanto o processo completo corre.
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